Retour sur le Workshop EBAME en bioinformatique appliquée à l’écogénomique microbienne


Pas moins de 50 chercheurs, professeurs chercheurs et étudiants étaient présents fin octobre à l’IUEM et cela durant deux semaines à l’occasion de la 5ème édition du Workshop EBAME porté par le LM2E.

L’interdisciplinarité scientifique et la dimension internationale placées au cœur du projet, ce rendez-vous annuel à la jonction entre informatique et écogénomique microbienne s’est imposé comme une rencontre incontournable à la pointe bretonne entre experts de ces disciplines.



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Participants internationaux durant le workshop EBAME à IUEM.
© meren


La bioinformatique & l’écogénomique microbienne

Dans le corps humain, les gènes et les cellules du microbiome surpassent en nombre ceux des organismes hôtes et sont en constante interactions métaboliques avec ces derniers, leurs conférant des adaptations environnementales essentielles.

Les microorganismes planctoniques et benthiques sont au centre des cycles qui contrôlent le climat, le fonctionnement des écosystèmes marins ainsi que la plupart des services écosystémiques. Le séquençage de l’ADN nouvelle génération est l’approche privilégiée pour comprendre la diversité et le rôle de cette biosphère invisible 

Cependant, le volume et la complexité des données générées par ces approches nécessitent le développement constant de nouveaux outils bioinformatiques au service des biologistes. D’autre part, l’exposé des besoins de recherche en ecogénomique microbienne par les utilisateurs est essentiel pour le développement de nouvelles méthodes d’analyses performantes et adaptées. Il est donc important de promouvoir les interactions entre biologistes et développeurs de ces algorithmes afin de produire et implémenter des outils informatiques, statistiques et de visualisation capables d’extraire les informations de ces données massives.

Les objectifs du workshop

  • Intérêt scientifique

Le colloque EBAME est un des événements rassemblant les meilleurs chercheurs en biologie, permettant une interaction où se définissent les standards d’analyse bioinformatique ainsi que les meilleures pratiques dans le domaine de l’ecogénomique microbienne. Les conclusions de ces travaux seront ainsi directement appliquées à l’analyse des données des grands projets de génomique environnementale portés par l’UBO (ANR Southern Ocean Microbiome) ou l’IFREMER (Abyss) et soutenus par la plateforme nationale de séquençage Genoscope. 

EBAME propose de renforcer les transferts de compétences entre la recherche publique et l’industrie pharmaceutique et biotechnologique en invitant des responsables de programmes industriels de grands groupes dans ce domaine. 

  • Intérêt pédagogique
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Hands-on computer sessions during EBAME
© meren

En parallèle, il est essentiel d’enseigner les bases théoriques et les dernières évolutions de ce champ scientifique extrêmement dynamique aux jeunes chercheurs (niveau master, doctorat et post-doctorat) impliqués dans l’analyse de ces jeux de donnée. De fait, une large part des 2 semaines de ce colloque est dédiée à des séminaires mais aussi et travaux pratiques sur ordinateurs, enseignés par les intervenants.

En établissant un lieu d’échange entre jeunes chercheurs et chercheurs confirmé, ce colloque s’est révélé être un lieu de recrutement. Ainsi en 2018, un doctorant UBO a été recruté en postdoctoral à l’Université de Chicago, et cinq propositions d’emploi scientifique ont été diffusé pendant EBAME en 2019. 

Le colloque EBAME, dispensé entièrement en anglais, est un facteur important de rayonnement international, tant par la qualité de ses intervenants accueillis à Brest, que par le haut niveau des participants issus des meilleurs centres de recherche européens et internationaux dans le domaine.

Intervenants conférenciers :

•  A. Murat Eren (Meren) – Assistant Professor , Department of Medicine, University of Chicago (USA). 

 •  Antonio Fernández Guerra  – Researcher , Microbial Genomics and Bioinformatics Research Group, Max Planck Institute for Marine Microbiology in Bremen (Germany). 

 •  Christopher Quince – Principal Research Fellow at Warwick Medical School, University of Warwick (UK). 

 •  Damien Eveillard – Associate Professor at the Department of Computer Science, Université de Nantes (France). 

 •  Jesse Sh apiro – Associate Professor of Biology at the Université de Montréal (Canada).

 •  Martial Marbouty  – CNRS researcher , « Spatial Regulation of Genomes », Institut Pasteur (Paris, France). 

 •  Julie Reveillaud  – Institut National de Recherche Agronomique , researcher (Montpellier France). 

 • Sheri Simmons – Bioinformatics Researcher, Johnson&Johnson (Cambridge, U.S.A.)

 •  Samuel Chaffron – CNRS researcher , Laboratoire des Sciences du Numérique (Nantes, France ) .

Universités et instituts de rattachement des participants :

Université de Brest, Université de Rennes, Université de Paris Sud, University of Copenhagen, Sorbonne Université, Rutgers University, University of Surrey, University of Southampton, Université de Montpellier, University of Hawaii, U.C. Berkley, University Medical Centre Groningen, Quadram Institute, University of the Basque Country, University Bremen, Alfred Wegener Institute, TU München, Marine Biological Laboratory Woods Hole, Norwegian University of Science and Technology, Max Planck Institute for Marine Microbiology, University of Concepción,  ETH Zurich, Kaust Saudi Arabia, Institute of Biomedical Sciences Abel Salazar, Wageningen University & Research Center, INRA, Dijon.


Pour obtenir plus d’informations sur le workshop EBAME, consultez le site web d’EBAME ou contactez Loïs Maignien : lois.maignien@univ-brest.fr